Uma equipe de cientistas trabalhando para erguer um submarino nuclear russo afundado em uma plataforma oceânica na costa de Miami, Flórida, desenterrou uma antiga relíquia atlante do fundo do mar e trouxe um especialista para dar algum sentido a ela. Mas ao tentar levantar o submarino, o vazamento radioativo de seus mísseis dispara o ressurgimento de Atlantis, e a onda resultante destrói a plataforma e deixa apenas um pequeno grupo de sobreviventes. Resgatado por dois vietnamitas que se tornaram pesadões que estão relaxando após seu último trabalho, seu barco acaba encalhando em uma ilha do Caribe nas proximidades, onde, ao desembarcar, é descoberto que tudo foi destruído e todos mortos. Os culpados, um grupo vicioso de invasores bem armados, e seu líder, Crystal Skull, são descendentes da raça original de Atlantis que começou a reivindicar o mundo e adicionar os sobreviventes à lista de vítimas enquanto lutam para permanecer vivos e derrotar o invasores e enviar Atlantis de volta ao fundo do oceano.