Baseado na obra homônima de Brian K Vaughan e Pia Guerra, Y: The Last Man acompanha um mundo distópico depois que uma estranha doença dizima quase todos os seres vivos com chromossomo Y. Os únicos sobrevivente do estranho acontecimento são Yorick Brown (Ben Schnetzer) e seu macaco de estimação. No entanto, ser os únicos com o cromossomo Y no planeta irá colocá-los no centro da atenção de toda a humanidade e Yorick terá que encontrar uma forma de viver nesse complicado novo mundo. Enquanto isso, sua mãe, a senadora Jennifer Brown (Diane Lane) precisará tomar as rédeas da situação e controlar o pânico social quando se torna a presidente dos EUA.