A trama se passa no fim da Era Meiji, onde um poeta decide abrir sua própria agência de detetives e resolver seus casos bizarros. Com o nome de “Agência de Detetives Pica-Pau”, Takuboku Ishikawa e Kyosuke Kindaichi vivem dia após dia desvendando os mistérios de Tóquio, enquanto a cidade se desenvolve.