Nova York, 1979. A Ordem de San Sebastian, um dos maiores títulos dados pela Igreja, é dada para Michael Corleone (Al Pacino), após fazer uma doação à Igreja de US$ 100 milhões, em nome da fundação Vito Corleone, da qual Mary (Sophia Coppola), sua filha, é presidenta honorária. Michael está velho, doente e divorciado, mas faz atos de redenção para tornar aceitável o nome da família Corleone. Na comemoração pelo título recebido, após 8 anos de afastamento, Michael recebe “Vinnie” Mancini (Andy Garcia), seu sobrinho, que a pedido de Connie (Talia Shire) é apresentado a Michael manifestando vontade de trabalhar com o tio. Nesta tentativa de diálogo a conversa toma um rumo hostil, pois participava também da reunião Joey Zasa (Joe Mantegna), que agora mantém o domínio de uma área outrora mantida por Don Vito Corleone, o pai de Michael. Vinnie é chefiado por Zasa, mas fala que não quer continuar, principalmente pela traição de Zasa de não reconhecer o poder de Michael. Vinnie é quase morto pelos capangas de Zasa e uma guerra pelo poder tem início. Um arcebispo da Igreja solicita a Michael US$ 600 milhões, pois resolveria o déficit da Igreja, oferecendo em troca que Michael ganhe o controle majoritário da Immobiliare, antiga e respeitável empresa européia de propriedade da Igreja. Michael concorda, mas isto deixa vários membros do clero contrariados, que não o aceitam por sua vida duvidosa.