O ano é 1999. Morioh, uma cidade tranquila e pacífica, recentemente se tornou um foco de atividades estranhas. Jotaro Kujo, agora um biólogo marinho, dirige-se à misteriosa cidade para se encontrar com Jousuke Higashikata. Enquanto os dois podem parecer estranhos a princípio, Jousuke é na verdade o filho ilegítimo do avô de Jotaro, Joseph Joestar. Quando se encontram, Jotaro percebe que ele pode ter mais em comum com Jousuke do que apenas uma relação de sangue.
Juntamente com o gentil Kouichi Hirose e o barulhento Okuyasu Nijimura, o grupo se dedica a investigar desaparecimentos recentes e outras ocorrências suspeitas em Morioh. Ajudados pelo poder dos Stands, os quatro homens encontrarão perigo em todas as esquinas, pois cabe a eles desvendar os segredos da cidade.
