A terceira temporada começa momentos após o final da segunda temporada: quando um recém-ordenado David e Kristen se beijam. Os dois não apenas precisam navegar nessa nova realidade, mas também enfrentar o envolvimento de David com “a entidade”, uma unidade de espionagem dentro da Igreja Católica. Enquanto isso, Ben encontra seu cérebro quebrando de seus casos não resolvidos e pede ajuda à sua irmã.