Vários anos se passaram desde os eventos de Ultraman, com o lendário “Gigante da Luz” agora como memória, pois acredita-se que ele voltou para casa depois de lutar contra os muitos alienígenas gigantes que invadiram a Terra. O filho de Shin Hayata, Shinjiro, parece possuir uma habilidade estranha, e é essa habilidade, juntamente com a revelação de seu pai de que ele era Ultraman, que leva Shinjiro a lutar contra os novos alienígenas que invadem a Terra como o novo Ultraman.