Baseado nas HQs da DC Comics criadas por Jerry Siegel e Joe Shuster, Krypton se inicia duas gerações antes da destruição do planeta natal do Superman. Na série, acompanhamos a história do avô do Superman, Seg-El, na luta para recuperar a honra de sua família, já que a casa El é motivo de vergonha e foi deixada no ostracismo, e salvar seu mundo do caos.