A série acompanha uma operação do governo que coloca a CIA para monitorar todos os super-heróis, usando uma equipe Black Ops chamada “The Boys”. A trama mostra o que acontece quando um escocês entusiasta de teorias conspiratórias chamado Wee Hughie, cuja namorada foi morta por um super-herói, é introduzido ao grupo no momento em que eles precisam impedir super-heróis desonestos que estão agindo sem controle.